Trường Tiểu học Bình Trị Đông được thành lập vào năm học 2007 - 2008 theo Quyết định số 3556/2007/QĐ-UBND ngày 25 tháng 7 năm 2007 của Ủy ban nhân dân quận Bình Tân. Từ khi thành lập đến nay, nhà trường luôn nhận được sự quan tâm, chỉ đạo của các cấp lãnh đạo, ngành Giáo dục và Đào tạo cùng sự phối hợp, hỗ trợ của chính quyền địa phương và cha mẹ học sinh trong quá trình xây dựng và phát triển.
Trải qua gần 20 năm hoạt động, nhà trường không ngừng phát triển về quy mô trường lớp, đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên và chất lượng giáo dục. Cơ sở vật chất từng bước được đầu tư, nâng cấp theo hướng khang trang, hiện đại với hệ thống phòng học, phòng chức năng, thư viện, phòng tin học và các trang thiết bị dạy học đáp ứng yêu cầu đổi mới giáo dục. Nhiều hạng mục được cải tạo, sửa chữa, góp phần tạo môi trường học tập an toàn, thân thiện và hiệu quả cho học sinh. Bên cạnh việc nâng cao chất lượng dạy học, nhà trường luôn chú trọng giáo dục toàn diện, tăng cường tổ chức các hoạt động trải nghiệm, giáo dục kỹ năng sống, văn hóa, văn nghệ, thể dục thể thao và các hoạt động nhân ái, hỗ trợ học sinh có hoàn cảnh khó khăn. Đội ngũ cán bộ, giáo viên không ngừng học tập, bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ, tích cực đổi mới phương pháp giảng dạy, ứng dụng công nghệ thông tin và chuyển đổi số trong quản lý và tổ chức các hoạt động giáo dục. Với truyền thống đoàn kết, trách nhiệm và sáng tạo, tập thể cán bộ, giáo viên, nhân viên và học sinh nhà trường đã đạt được nhiều kết quả tích cực trong công tác dạy và học, từng bước khẳng định uy tín và vị thế của nhà trường trên địa bàn. Hiện nay, Trường Tiểu học Bình Trị Đông tiếp tục phát huy những thành quả đã đạt được, phấn đấu xây dựng môi trường giáo dục chất lượng, hạnh phúc, hiện đại, đáp ứng yêu cầu đổi mới căn bản, toàn diện giáo dục và đào tạo.
Từ ngày 01 tháng 7 năm 2025, thực hiện chủ trương sắp xếp đơn vị hành chính theo mô hình chính quyền địa phương 02 cấp, Trường Tiểu học Bình Trị Đông thuộc địa bàn phường Bình Trị Đông, Thành phố Hồ Chí Minh.